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不久的将来,气候和地表已经发生变化,人类的生存空间也因此而愈加狭隘。
仿佛为了与这缓慢变化的世界相对应一般,在年轻一代间开始出现拥有特殊能力的人,他们被称之为“メティス”。

在不可思议事情早已成为逸闻趣事的上ヶ瀬市,以祐天寺集团为中心,很多企业共同出资对一部分浸水区域进行填充造地,并在这之上设立了一个专门培养教育特殊能力者的学校——澄之江学园(すみのえがくえん)。

主人公速瀬慶司本来过着和那些能力毫无半点瓜葛的日子,然而某一天,一个自称是学园代理者的人出现在他面前,并劝诱他进入澄之江学园就学。
之后,因某个偶然的契机,他加入了以调查学园周边问题并加以解决的组织——学园都市调查研究会(通称:アルゴノート)。

面对这至今都不曾体验过的新鲜每一天,多少会有点不知所措,但却也是让人雀跃的每一天。
可就在那样的日子里,关于二度开发的上ヶ瀬市和澄之江学园,让人不解的传言开始出现……