灰色：幻影扳机1

日美联合反恐组织「防卫省中央调查部谍报2课分室」通称CIRS，因为海上油田爆炸事故（西斯.奥斯陆事件）的关系，其存在被公众所知悉了。因此而清洗和重组之后，CIRS再次以新组织SORD的形式重新开始了进行机密活动。
以培养将来的国防军事人才为目的而嘴贱的SORD凭借这全国各地学校组织从而借壳上市，改头换面开始运营。
因为经营不善倒闭的美滨学园连带着成为烂尾建筑的校区被SORD以个人名义收购之后，以「特殊技能训练学校」的资资格重建了。
在这个学园里，有一群因为不同缘由市区了栖身之所的少女们被给予了枪支弹药，在国防的名义之下，不停地执行着僭越法律，朝不保夕的危险任务。
「我们都活在这个世界上…
但是不能为了活而活，那样就如同行尸走肉一般毫无意义。
因此不能仅仅是活着，还要靠自己的力量活下去，在战斗中脱颖而出，生存到最后。
只有生存到最后的人，才被允许活下来。」
这群选择背负着支离破碎的命运，持枪战斗的少女们究竟会迎来怎么的未来？敬请期待。

灰色：幻影扳机2

凌晨5点30分，K县U港—
原本预定要入境的海外“要人”突然销声匿迹。
S凌晨5点30分，K县U港—
原本预定要入境的海外“要人”突然销声匿迹。
SORD的成员们以搜索支援的名义介入了这次失踪事件，每次眼瞧着就要取得“货物”之际却总是得而复失。
与身位美滨学园姐妹校“京船樱丘”SORD成员的双胞胎姐妹之间的互助和对立。还有来自疾驰于夜路之上的女骑士「灵魂之速」的挑战。
公路上的追逐到最后变成了激烈的 死斗，战斗的双方皆尽身心俱疲，一同被撕裂。
而这要追溯到玲奈与春人邂逅之前那令人不忍回顾的往昔。
「你擅长什么？」
「我只是个懦弱的爱哭鬼，我杀不了人…」
「你打算买下我？」
「看了价格再说」
前方就算是地狱也罢，她被拯救了么？敬请期待。

灰色：幻影扳机3

SORD的成员们把因为战斗而负伤的玲奈和真纪留在美滨修养，剩下的人前往国外与别的学校进行夏季协同合宿活动。
但是他们被安排与合宿对象学校——圣耶鲁外国人学校的希尔薇还有维尔维特等人合作，一同参与「狩猎逃兵」。
桐花是这次的主角，在被卷入事件的同时，她还必须面对过去与双亲的回忆以及对友人未履行的承诺。
「是啊。对我们来说，有着就算是爬也要爬回去的理由…必须回去啊」
「那么——如果我们能活着的话再在某处重逢吧…」
「如果不能活着带回来的话，“处理”掉也没关系…真到了那时候，希望你能做干净点…」
圣耶鲁的Handler，仙石一缕的弟弟，仙石家的长子.仙石凌芽如是说道。
在各种各样的想法中，桐花最后得出的答案是？
真实，就在瞄准镜的那一头…

灰色：幻影扳机4

从圣耶鲁外国人学校转学来的九真城惠在桐花的指导下提升了作为狙击手的实力，并和伤愈回归的玲奈和真纪一起磨练自己的爪牙。
与此同时，美滨学园初等部的仙石大雅提出了配属到实战部队A组的强烈希望。
作为Handler的春人，以「让克莉斯当大雅的长官指导她」作为条件把大雅编入了A组。之后克莉斯在与大雅一起相处之后，察觉到了自己内心的变化。
就在大家以为天下太平，诸事顺遂的时候，国内突然发生了前所未有的恐怖袭击事件。
知道了事态严重的克莉斯不顾安危飞身前往战场——就像那时候的“她”一样。

「这是我们所预想中事件最严重的展开了…」
「有2人被杀了！怎么回事！？发生了什么！？」
「携带核武器进日本意味着什么知道吗…？」
「第一次用枪杀人很可怕…脚都在颤抖…」
「蠢货…你想要让一切都付诸东流吗！？」

牺牲者还在不断地增加，SORD却不得不袖手旁观。
克莉斯和大雅…还有美滨学园的命运是？

「原来…我…已经死了啊…」

怀着对去世母亲的思念，少女向长眠的深渊中滑去——

灰色：幻影扳机5

伴随着牺牲，SORD成功镇压了恐怖袭击。
恐怖袭击事件解决数周后——邑沙季的姐姐，狗驹悠季回到日本，回归到A组。
社交能力比妹妹还要优秀的姐姐悠季在与学园的成员们友好相处的同时，也构筑着彼此直接的信赖关系。

「我已经快要失去呆在美滨的理由了…」

怀疑自己存在意义的邑沙季想起了和春人初次见面时候的场景。
春人以「为了充实不成熟的自己」为出发点，前往深山中的村子寻求技艺。
传承自列祖列宗的“秘传之技”究竟在何处——？

「我绝对不会原谅你们！！」
「没关系…我…哪里也不去…就在…你身边…」
「看来传闻不虚，亡灵这东西是砍不动的啊…」
「来，抬起头…鼓起勇气…」

那既是命运的相逢，也是悲伤的故事。

「那个…能不能…命令我…杀掉妹妹…？」

灰色：幻影扳机5.5

无处可去的有坂秋樱里误打误撞来到了美滨学园任教。现在距离她来到这所“杀手学校”已经过去了3个月。
尽管她拼尽全力适应新的环境，并且在一定程度上拉近了与学生们的距离，但是来自学园方面对她的评价显得并不那么令人满意。
「她很谦虚，虽然有些笨拙但是很认真。对待凡事都很真诚，拼尽全力…
「她的确是一位称职的好老师，但是仅凭这点不足以使她胜任美滨的教职员」
有坂巡视着校园，通过与被当作杀手养育起来的少女们对话，她开始重新审视自己。
——但是在这过程中，一场噩梦开始困扰她，扰乱了她的心神。

女孩的家庭被贴上了「杀人凶手的家」的标签，因此她的心像茧一样封闭了起来。
“我好害怕…”
“外面的世界好可怕”
“我该怎么办？”
“我该怎么做才能原谅我呢？”
“我到底做了什么？请放过我吧…”
有坂即将迎来人生最重大的抉择。
「即使如此也要继续这份工作么？」
她最后选择的世界究竟是——。

灰色：幻影扳机6

美滨学园的校长苍井春人。
对他来说，那天是与平时一样平平无奇的一天。
但是A班其他人注意到他的举止言谈与平时相比又有些不同寻常。
那天春人会与千石一缕，宇川千寻等第一代幻影扳机的成员们一起去某座深山中扫墓。
那座山的山顶长眠着春人的师傅苍井碧。
他们每年都前来拜访碧，与她再会。
在路上虽然大家都嘻戏玩笑，但是到了目的地之后气氛就会被沉默和压抑所取代。
大家都在缅怀，那个纯真而又狂暴的碧的人生。

「输了之后只是觉得不甘心的话就别干了。如果不能在输掉之后因为获得了有益的经验而开心的话，你就不适合干这工作。」
「为了什么而不惜身命取决于那人的价值观。」
「他为人太温柔了，不适合当杀手啊 。」
「喂！春人！给我振作点！不然会死啊！」
「…呐，烟…还给我…师傅…」
传承延续的生命。
「有形的事物总会消逝，有生命的事物总会死去。仅此而已。」
「苍井碧最后的时刻，这个世界到底发生了什么——」

灰色：幻影扳机7

一成不变的日常风景——
少女们默默地磨砺着自己的獠牙。
甚至连春人也不例外。他执刀在手，为了那「即将到来之时」而做着准备。
那来自远方，呼唤着他们的声音，回荡不绝。
SORD和CIRS的所属部队被全部召集起来，进行一次规模空前的大规模作战。
他们迎击的是缘和黑江早就等待着的敌人——宗教组织”The Fatal Answer”（简称 “TFA”）。
有坂秋英里迷惘了。作为组织的一员，作为一个人，她究竟应不应该让她的那些甚至未及弱冠的学生们奔赴战场呢？这些孩子们的命运皆系于她一念之间。
「有坂老师有那种即使是杀人也在所不惜，誓死要守护的东西么？」
「这本小记事本，恐怕就是我的遗物了吧。」
「请记住，这经历总有一天会成为救人的关键！」
「如果对阵的敌人势力中有小孩，你会开枪吗？」
「希望你别后悔…… 」
「总比什么都不做后悔来得强！」
每个人不一样的想法，在火花四射的战场中碰撞，映射在有坂眼中情景是——。
「我自诩也是已经见过很多次地狱了 但是现在我觉得自己一直以来看的那些地狱其实都算不上地狱」